Dựa trên cốt truyện hấp dẫn, Pokemon - Thần thú đại lục thu hút các game thủ từ những chi tiết đầu tiên. Thời đại thế giới duy thực đầy hỗn độn chúng thần dựa theo hình tượng của mình sáng tạo nên nhân loại cùng trí tuệ. Con người lập nên quốc gia và nền văn minh, nhưng với dục vọng vô tận cùng bản năng tranh đấu đã biến thế giới trở thành một đấu trường tàn khốc. Thần vì vậy sáng tạo nên Nguyên tố thần quan để cai quản và phân tranh thế giới, nhờ vậy mà duy trì được hòa bình trong hàng ngàn năm. Nhưng… Hư Tử, thần quan thứ 14, không rõ vì lý do gì đã tự đoạn tuyệt biến mất khỏi thế giới… Chỉ còn lưu lại duy nhất một cuốn khải huyền mang tên Ngày Tận Thế…

Hàng trăm năm sau, Vương quốc Aizu kết hợp Khoa học và Công nghệ máy móc đã rất nhanh chóng xâm chiếm các quốc gia khác. Đất nước ChiUn bị xâm lược, mất toàn bộ năng lượng, Chàng trai trẻ Qin dần hiểu ra thứ mình cần bảo vệ chính là cuộc sống hạnh phúc cho mọi người. Đồng hành với Qin là Juile, công chúa lưu lạc của ChiUn. Định mệnh đã đưa họ đến với nhau, cùng nhau thực thi nhiệm vụ giải hàng loạt các mật mã xoay quanh tiền kiếp và hậu kiếp trớ trêu của hai nhân vật chính. Bí mật về con người đa nhân cách ẩn chứa bên trong Qin khiến nội dunng game càng thêm kịch tính. Giữa thiện và ác, giữa được và mất. Giữa những ân oán của kiếp trước và con người của thực tại.